MONITOR är uppdelat i moduler efter verksamhetsområde, även kallat huvudmoduler. Varje huvudmodul innehåller undermoduler som i sin tur innehåller alla rutiner. Nedan beskrivs kort vilka huvudmoduler som finns i systemet, vad de omfattar samt hur du kommer åt dem i MONITOR. De moduler som finns är:
För en detaljerad beskrivning av undermoduler och rutiner, hänvisas till referenshjälpen för respektive huvudmodul.